驻守西安府城的汉军明智的选择了投降，少量满八旗和蒙八旗的军士，被汉军全部斩杀，或许到了这个时候，汉军军士郁闷的气息才彻底爆发出来，从京城出发的一万汉军，潼关之战被硬逼着进攻，几乎损失殆尽，若不是依靠部分的汉军军士操控红夷大炮，恐怕一个汉军军士都不要想着活下来。
这一战朝廷大军收获太丰盛，缴获的黄金白银超过四千万两，粮食四万多石，还有十多门红夷大炮，以及数量不菲的虎蹲炮、弗朗机等等。
黄金白银以及粮草，绝大部分都是李自成通过追饷令获取的，如今全部归于朝廷。
留守西安府城的孔友德、耿仲明和尚可喜三人全部被活捉，因为看守汉军军士的疏忽，孔友德在营房里面自尽身亡，新任陕西总兵黄得功请示朱慈烺之后，毫不留情的斩杀了耿仲明和尚可喜两人。
如何处置被看押的近三万原大顺军军士，令黄得功头疼，这些投降的军士，早就被杀戮吓破了胆，进入军中是不可能了，如果安置到地方上去，又需要有人看守，免得有些蠢蠢欲动之人从中作乱，还是朱慈烺一句话提醒了黄得功，这些大顺军的军士，不久之前还是流民和百姓，让他们回到地方去耕种土地，没有多大的麻烦。
黄得功没有多少学识，亦不会处理地方上的政务，也不耐烦做这些事，处置陕西各地事宜暂时以内阁大臣、兵部尚书史可法为主，因为需要处置的事情颇多，朱慈烺在西安府城停留了三天的时间。
陕西一地，严重缺乏地方官员，特别是地方的主官，史可法建议从南方各地抽调官吏进入陕西，担任府州县的主官，朱慈烺没有采纳这个建议，开年之后就是会试，朱慈烺内心已经有了定夺，在使用官员这件事情上面，他要拟出来全新的条陈，要对全国的各级主官进行全面的考核，彻底清理那些占着茅坑不拉屎的蠹虫。
朱慈烺亲笔写下诏书，要求大同总兵姜骧前往西安府城，原徐州总兵胡华山出任大同总兵，至于说姜骧如何安排，朱慈烺还没有考虑。
大同一地位置太过于关键，务必派遣得力之人驻守，至于说南直隶各地，不需要设立那么多的总兵，譬如说庐州、徐州和凤阳等地，不管是总督还是总兵，都要撤销。
大战之后剩下的十二万多军士，杨文聪率领其中两万人，已经赶往山东德州，黄得功麾下近三万人全部留在陕西，胡华山率领两万人赶赴大同，其余军士跟随河南总兵孙明凯暂时返回河南，过了潼关之后，将交于四川总督马士英指挥，进入四川彻底剿灭张献忠。
史可法提出了建议，等候在湖广郧阳的邓世秋，麾下有五万军士，马士英若是率领十万大军近川，总兵力达到了十五万人，剿灭张献忠不需要如此之多的兵力，再说了，多尔衮若是真的领兵进攻山东德州，黄得功与胡华山率领的兵力进逼京城，看上去有些单薄，还是应该留下一部分兵力驻守河南，这样陕西与河南两地都能够迅速稳定下来。
朱慈烺略微考虑之后，同意了史可法的提议，改由马士英率领参加了马栏山之战的五万精锐军士进入四川，与邓世秋率领的五万大军合兵一处，剿灭张献忠，稳定四川的局势。
征伐八旗军的明军还剩下五万人，按照史可法的提议，其中两万人留在河南，归于河南总兵孙明凯指挥，两万人暂时留在西安府城，准备进驻北直隶和京城，其余一万余人跟随皇上前往南京。
作战缴获的粮食全部留下，陕西与河南两省各自分配两万石，缴获的黄金白银，陕西与河南两省各自留下五百万两，其余全部押解到南京去，扣除需要抚恤和赏赐的部分，还可以省下一千五百万两白银，户部的日子能够好过很多了。
因为兵力的调动，马士英率领等候的五万军士之中的三万人经过潼关，抵达西安府城，其余两万军士原地等候，将要跟随河南总兵孙明凯前往开封和洛阳等地驻守。
西安府城没有遭遇过多的破坏，这让朱慈烺略微的松了一口气。
走上城墙的时候，朱慈烺看着身边的马士英开口了。
“马大人，明日你就要率领大军进军四川了，朕调拨给你的五万军士，全部参加了马栏山之战，他们彻底剿灭了八旗军之中的正白旗与镶白旗，经历了惨烈的厮杀，强悍的战斗力得到了上下的认可，加上邓世秋率领的五万军士，一共十万人，朕相信你能够以最快的速度，彻底剿灭张献忠，稳定四川的局势。”
“张献忠号称百万大军，其实也就是三十万人左右，其中真正有战斗力的军士不多，杨展率领的地方军队，都能够打的张献忠苦不堪言，可见其力量也就那么回事，张献忠的四个养子孙可望、刘文秀、李定国、艾能奇，听闻战斗力不错，特别是刘文秀和李定国，若是能够招抚，尽量招致麾下，让他们为朝廷效力。”
“四川地方的士绅富户，因为张献忠的入侵，抱成团反抗，也为朝廷出了一些力，稳定四川局势的时候，切不可粗暴，要区别对待，对于那些冥顽不化、鱼肉百姓、不服从朝廷调遣之士绅富户，严惩不贷，不可手软，且要抄没他们的家产，以儆效尤。”
说到这里，朱慈烺再次看向马士英。
“马大人，朕最为痛恨的就是官吏贪墨、军官克扣军饷粮饷之行径，遇见此等的行为，不管是谁，不管他有多大的功劳，朕都是要严惩的，你此番率领大军入川，统领四川的一切军政民政事宜，在稳定四川局势的同时，应该能够查抄不少的钱粮，朕相信你不会动心，可还是担心有人伸手，你一定记住，该赏赐的不要吝啬，该查抄的不要手软，若是有人贪墨钱财，一律斩杀，治乱世用重典，如此才能够震慑宵小，尽快稳定四川的局势。”
马士英用力的点点头。
“皇上，臣记住了，臣一定竭尽全力，不辜负皇上之重托。”
朱慈烺拍了拍马士英的肩膀。
“马大人，朕相信你的能力，朕会看着你将四川治理的井井有条。”
朱慈烺的这句话，让马士英感激涕零，扑通的跪下了。
“臣竭尽全力，治理好四川，若是有违皇上嘱托，万死难辞其咎。”
朱慈烺伸手扶起了马士英，看着马士英眼睛里面的泪光，感慨万千，皇权的威严就是如此，简单的几句话可以让人拼死效忠，历史上的马士英，被誉为奸臣，名声很不好，实事求是的说，南明时期的马士英，掌握了权力之后，的确做了一些坏事情，导致南明的半壁江山在最短时间之内陷落，可当时的南明第一任皇帝福王朱由崧，仅仅用昏庸来形容还不够，可以说是混吃等死，荒淫无度，毫无作为，跟着这样的皇帝，好人都会变成坏人。
朱慈烺有着足够的自信，能够掌控马士英和阮大铖这类的官员，而且他一般不会用那些特别清廉之人，譬如对于明朝时期的大清官海瑞，朱慈烺是绝对不会重用的，这种人不懂转圜，认死理，缺乏署理政务和处理政事的能力，倒是将名誉看的特别重，这些特别清廉的官员可以用来装点门面，想办法供起来，就是不要让他们掌控权力。
东林党人和复社之人就是将沽名钓誉的行为运作到了极致，由此掌控了舆论，进而开始插手朝政，为自身的小集团谋取最大的利益，导致大明朝廷党争不断，朝中官吏只认小集团，不认皇上和朝廷。
“马大人，兵马未动粮草先行，先前二十万大军征伐，还剩下不少的粮草，其中一半交付给你，足够维持五万大军两个月以上的开销了，朕已经重新拟定军士之俸禄，一会史大人会告知于你，你麾下有十万大军，朕调拨给你一百万两白银，务必保证诸多将士的俸禄，若是有不足之部分，可在其他钱财之中予以开销，总之一点，诸多的将士在为朝廷拼命，朝廷就要让他们没有后顾之忧。”
马士英连连点头，脸微微有些红，以前担任凤阳总督的时候，还是打过军饷的主意，现在可不敢做这些事情了，不管怎么说，都是脑袋重要。
“皇上，臣记住了，臣一会就去询问史大人，一定按时给将士发放军饷。”
朱慈烺点点头，脸上露出了笑容。
“马大人，朕想说的话其实很多，思来想去有些话不必说，你都是清楚的，朕还是那句话，完全相信你的能力，期盼你在最短时间之内剿灭张献忠，将四川治理好，朕给你一年到两年的时间，到时候朕在京城等着你归来。”
朱慈烺刚刚说完，马士英扑通再次跪下了。
不远处的史可法和曹化淳等人，看着这一切，脸上悉数露出沉思的神情。